Activo principalmente en España en la corte de Felipe IV. En marzo de 1654 João IV de Portugal, que había escuchado sobre sus éxitos en España, envió una carta a Sevilla preguntando por él a fin de contratarlo para la corte; era ampliamente conocido en Sevilla como prolífico compositor de melodiosas canciones frívolas seculares. No sabía de teoría musical, por lo que creaba éstas probando en su vihuela las voces combinadas, normalmente cuatro o menos, en lugar de hacerlo laboriosamente sobre papel. João IV, quién prefería un estilo más majestuoso, lo acusó de plagiar a Fray Manuel Correa. Madre de Deus también informaba que se le había encargado escribir seis piezas festivas a un doblón cada una para las celebraciones en Sevilla en honor de la segunda esposa de Felipe IV.

Edición discográfica con una obra de Filipe da Madre de Deus

Cuando el  frívolo Afonso VI heredó el trono portugués, los gustos de la corte cambiaron, y por lo menos desde 1660 Madre de Deus fue maestro de música de la cámara real en Lisboa. En 1668, Pedro II fue nombrado regente de Afonso VI, su hermano demente, y todos sus empleados anteriores quedaron fuera de la nómina real. Así, Filipe da Madre de Deus tuvo que volver a España en 1668. Fue sucedido por António Marques Lésbio renombrado como maestro de música de la cámara real de Portugal. Volvió entonces a Sevilla, retirándose en el monasterio de los Mercedarios descalzos de San Laureano como maestro de capilla. También dirigió la música en la iglesia Carmelita de San  José por lo menos hasta 1688, año de su última obra conocida, o después. Probablemente murió allí entre 1688 y 1690.

Sus 30 tonos y villancicos para dos a ocho voces existentes  (algunas con textos de F. M. de Mello) están entre algunos de los más picantes, atrevidos y avanzados de la música portuguesa de su época. Aunque libres de cualquier creación erudita, ellos explotan hábiles contorsiones rítmicas y alegres modulaciones.

Filipe da Madre de Deus compuso principalmente villancicos y tonos para varias ocasiones y fiestas, incluso un saludo para el 18º cumpleaños de  Afonso VI, "Ostente aplausos festivos", y los famosos villancicos negros de Navidad, "Antonya", "Flaciquia", "Gasipà", que contienen ecos de música popular.. También compuso obras corales sacras con acompañamiento de continuo. Sólo un simple "Salve Regina" para tres voces y continuo sobrevive (en los archivos de la catedral de Ciudad de Guatemala) para mostrar las virtudes de Madre de Deus con un texto en latín.